Desde el año 2000, ACOANA ha concentrado esfuerzos en dos Programas principales CAURA y PARAGUANÁ. Estos son formulados atendiendo a la estrategia mundial para la biodiversidad, la cual nos compromete a participar, en algún nivel de la gestión local, nacional o global, para la conservación de la diversidad de la vida. En este sentido, nuestros ámbitos de gestión están fundamentados en el Estudio de la Biodiversidad (entendida como la acción para documentar su composición, distribución, dinámica y función, así como incrementar el conocimiento de sus diferentes componentes), la Promoción de la Conservación (entendida como la acción de tomar medidas para la protección de genes, especies, hábitats y ecosistemas) y, finalmente, incentivar el Uso Sostenible de la Biodiversidad y el Desarrollo Comunitario (entendido como la acción de manejar racional y prudentemente los recursos naturales comunes, así como ayudar a las comunidades para que se ayuden así mismas en sus esfuerzos de conservación y desarrollo), procurando un uso equitativo de los beneficios de los mismos.

Los criterios de formulación de proyectos están basados en los siguientes aspectos: a) trabajar en áreas bióticamente viables; b) estudiar sistemas naturales, brindando cada vez más atención a los desarrollos humanos asociados con éstos; c) hacer el mejor uso posible del conocimiento disponible; d) establecer arreglos y alianzas institucionales para maximizar recursos y concentrar esfuerzos; y e) fortalecer a las comunidades locales.

En el ámbito de gestión Estudio de la Biodiversidad, ACOANA concentra destrezas y la motivación fundamental de su equipo de investigadores, en las líneas de investigación siguientes:

• Ecología, Taxonomía y Conservación de Mamíferos.
• Monitoreo del Cambio de Uso y Cobertura de Ecosistemas Boscosos.
• Estudio de las Dimensiones Humanas de los Cambios Ambientales.
• Dinámica de Comunidades Naturales Saludables y Ecosistemas Saludables.
• Patrones de Uso de Fauna y Uso Agrícola, así como Recuperación de Ecosistemas Boscosos en Territorios Indígenas.

En el ámbito de gestión Promoción de la Conservación, ACOANA tiene las siguientes líneas de acción:

• Creación y Manejo Efectivo de Áreas Protegidas.
• Modelo de Gestión y Desarrollo Ambiental de Territorios Indígenas.
• Formación de Talentos Humanos (Link a cursos y talleres).

En el ámbito de gestión Uso Sostenible de la Biodiversidad y Desarrollo Comunitario, ACOANA tiene las siguientes líneas de acción:

• Uso Sostenible de Fauna Silvestre y Acuática, en Comunidades Indígenas.
• Ecoturismo y Uso Sostenible de la Biodiversidad de la Península de Paraguaná.

La divulgación de información y la capacitación de recursos humanos son instrumentos de carácter transversal a los ámbitos de gestión institucional, para promover la estrategia de conservación de la diversidad biológica.